Eine Havarie ist ein unvorhergesehener Schaden, der einem Wasserfahrzeug oder dessen Ladung während der Fahrt widerfährt. Allgemeiner ausgedrückt, bezeichnet der Terminus jede Art von Betriebsstörung.
Die Havariekommissare in Deutschland sind für die Untersuchung von schweren Verkehrsunfällen zuständig. In Österreich nennt man beschädigte Fahrzeuge im Straßenverkehr auch „Havarien“. Der Pannenservice der DDR wurde als „Havariedienst“ bezeichnet.
Der Begriff Havarie bezeichnet im allgemeinen Sprachgebrauch einen Unfall mit größeren Folgeschäden. Er ist inzwischen ein Synonym für einen Unfall oder Schaden größeren Ausmaßes geworden. So wird er auch für große, schwere Unfälle verwendet, wie zum Beispiel die Havarien der Atomkraftwerke Tschernobyl, Gundremmingen A und Fukushima I.